為實現全流域水環境質量改善和地區協調發展，條例規定要建立健全流域上下游生態保護補償機制，對飲用水水源保護區和河流、湖泊、水庫上游地區以及水環境質量達到或者優于國家和本省考核要求的地區，由上級政府統籌組織予以生態保護補償的相關工作，并適時調整補償標準。

 

　　在飲用水安全方面，條例規定城鄉供水水質應當符合生活飲用水標準，飲用水供水單位應當對供水水質負責，確保供水設施安全可靠運行。政府應當組織有關部門監測、評估本行政區域內的飲用水水源、供水單位供水和用戶水龍頭出水的水質等飲用水安全狀況。條例還對農村飲用水作了特別保護，規定應建立農村飲用水水源地巡查制度，對農村分散式飲用水水質實行定期監測。

 

　　在城鎮污水處理方面，條例規定政府要統籌建設城鎮污水集中處理設施和配套管網，提高城鎮污水收集率和處理率，新建污水集中處理設施的配套管網應當同步設計、同步建設、同步投運。同時規定，生活污水不得排入雨水收集管網，從事餐飲、洗浴、洗滌、洗車等經營活動的單位和個人不得向雨水收集管網或者水體直接排放經營生產活動產生的污水。