2008年10月20日，王鴻舉市長主持召開重慶市政府第20次常務會，以第一議題審議通過實施《重慶市“碧水行動”實施方案（2008—2012年）》，要求進一步修改完善后由市政府印發實施。

    2005年實施“碧水行動”以來，直接影響我市水環境質量的主要污染物總體呈現下降。2007年，長江、嘉陵江、烏江的監測斷面100%滿足Ⅲ類水質標準，85.7%滿足Ⅱ類水質標準（比2004年增加15.3個百分點）。主要次級河流水質滿足水域功能要求的斷面比例達70.8%（比2004年增加17.9個百分點）。全市城鎮集中式飲用水源地水質達標率為98.2%（比2004年增加4.8個百分點）。城鎮污水和垃圾處理率顯著提高。但我市水環境形勢仍然嚴峻，三峽工程175米運行后重慶水質安全還面臨壓力、城鄉居民飲用水源安全還存在隱患、部分次級河流富營養化嚴重甚至出現“水華”污染問題、部分工業和生活污水處理設施未得到穩定有效運行。

    修訂《方案》基于兩方面原因：一是中央對我市的要求。中央關于重慶發展“314”總體部署、建設全國統籌城鄉綜合配套改革試驗區和國務院批復的《重慶市城鄉總體規劃》均要求建設資源節約型、環境友好型社會并改善城鄉人居環境。國家新修訂實施的《水污染防治法》和《三峽庫區及其上游水污染防治規劃》對保護水環境提出嚴格要求，國家《節能減排綜合性工作方案》明確了水污染物減排的約束性指標，對全國重點流域水污染防治提出更具體措施。二是環保工作的需要。原方案分年度的目標任務只安排到2007年，沒有細化2008—2010年的任務，為工作的連續性，亟需制定到2012年碧水行動的目標和措施，在對原方案開展績效評估的基礎上修訂方案、突出重點、調整目標、增添措施已成為下一步實施“碧水行動”的迫切需要。

    修訂《方案》的主要內容：（一）實施范圍和時段。實施范圍分為全市、主城區、三峽庫區、其他區縣（自治縣）、建制鎮及鄉村等五類，并與年度目標相對應。實施時段調整為2008—2012年。

   （二）主要控制目標。在入境水質滿足Ⅱ類時，長江、嘉陵江、烏江干流水質總體滿足Ⅱ類水質。次級河流水域功能區達標率2010年達75%，2012年達80%且主城區消除劣五類水體。主城區和區縣城區集中式飲用水源水質達標率2010年均達100%；建制鎮和鄉村2010年分別為75%、70%，2012年分別為85%、75%。全市城鎮生活污水集中處理率2010年為80%，2012年為85%；城鎮生活垃圾無害化處理率2010年為85%，2012年為90%。2010年全部取締畜禽禁養區內的養殖戶。五年內解決1000萬人飲水安全。

    （三）主要內容。包括飲用水源保障工程、城鎮生活污染整治工程、工業污染防治工程、農村面源污染防治工程、船舶污染防治工程、次級河流污染綜合整治工程等六大工程，增加了實施《三峽庫區及上游水污染防治規劃（修訂本）》、《重慶市“十一五”主要污染物減排實施方案》、三峽工程175米運行飲用水源安全、主城規模化供水和“兩江互濟”、加強跨界次級河流水質考核與補償等23項內容，保留了主城排水三級管網建設、強化工業污染防治、加強次級河流水環境綜合污染整治等18項內容，刪除了9項已完成內容。初步測算，2008—2012年實施“碧水行動”總投資約163.8億元。實施“碧水行動”將按照“誰污染誰治理”的原則，資金投入以企業和業主為主，充分運用市場機制和激勵政策，在積極爭取國家投入的基礎上，確保資金需求。市、區財政適當給以資金補助或以獎代補，重點安排水污染特別嚴重的、影響面廣的示范性、控制性工程。