具體合作內容方面，雙方將深化水生態環境共建共保。四川省生態環境廳指導瀘州、遂寧、內江、廣安、達州、資陽等市，重慶市生態環境局指導渝北、長壽、江津、合川、永川、大足、潼南、榮昌、開州、梁平、墊江、城口等區縣，健全雙邊多層級協作機制，定期交流區域水污染防治工作進展和跨界河流水質狀況，深化落實水環境信息共享、聯合防治、上下聯動、聯合執法等工作機制。推進構建以流域生態系統健康為目標的管理體系，以流域為單元推動實行統一目標、統一規劃、統一標準、統一監測、統一的防治措施，對流域實行整體保護與修復。

 

　　雙方將開展流域橫向生態保護補償試點。篩選1-2條重點流域開展流域橫向生態保護補償試點，并綜合考慮地方財政承受能力和水環境、水資源、水生態現狀，厘清生態補償雙方權益和義務，商定流域生態補償標準和資金核算方法，共同促進雙方落實生態環境保護責任。鼓勵兩省（市）、市（區）、縣級政府之間自行協商簽訂流域橫向生態保護補償協議。

 

　　雙方將聯合開展水污染防治科研攻關。建立專家庫和技術支持團隊，共同對重點流域、重要河段污染成因、溯源和防治對策等開展分析研究，為水生態環境共建共保提供決策參考。

 

　　根據協議，雙方將組建深化川渝兩地水生態環境共建共保推進工作領導小組，主要負責推動解決兩地水生態環境共建共保工作中的重大問題。