重慶市政府新聞發言人文天平2月19日表示，在完成175米試驗性蓄水后，三峽庫區水質穩定并有所改善。
　　在重慶市政府月度自主新聞發布會上，文天平說，2008年長江、嘉陵江和烏江重慶段各監測斷面水質均滿足Ⅲ類水質標準，其中滿足Ⅰ、Ⅱ類水質斷面比例已經達到90.5%；而國控飲用水源地和城鎮集中式飲用水源地中，水質滿足水域功能要求的斷面比例均為100%。
　　在19日的新聞發布會上，文天平表示，重慶近年來已采取了多項措施，以加強對三峽庫區水質的保護。據統計，到2008年底，重慶全市生活污水處理率和生活垃圾處理無害化處理率分別超過了72%和78%，三峽庫區無害處理率則已分別達到83%和92%。
　　此外，重慶還對1008戶工業企業實施破產關閉和資產重組；清理打撈和轉運處置漂浮垃圾50余萬噸；對30馬力以上的運輸船舶，配有油水分離設備和污油儲存裝置，有600多艘船舶安裝了一體化生化處理裝置；禁止銷售和使用含磷洗滌劑，每年減少1800噸磷進入水體。
　　不過，三峽工程自2003年6月開始蓄水后，雖然長江干流水質總體保持穩定，部分支流回水區卻時有 “水華”現象（指水體富營養化，產生大量藻類）發生，特別是每年早春季節，氣溫升高帶動藻類迅速生長，“水華”現象在巫山、萬州、開縣、豐都等七個區縣發生頻率很高。
　　根據重慶市政協城鄉建設環境保護委員的調研材料，截至2007年5月，在三峽庫區重慶段已有15條一級支流回水區發生“水華”60余次，發生頻率高的有大寧河（八次）、神女溪（六次）、抱龍河（七次）、草堂河（六次）等河流，集中在巫山、奉節、云陽三個縣境內。
　　一位重慶市政協人士向《財經》記者表示，調查發現“水華”現象有隨著水位升高發生規模擴大、頻率增加、持續時間延長、并向上游擴張的趨勢。而今年情況如何，還需要看3月后的情況，因為在每年3月至5月三峽庫區的水溫、光照和熱環境，有利藻類的生存，易導致“水華”產生。
　　根據國務院三峽工程建設委員會的要求，在試驗性蓄水完成后，三峽水庫水位隨即開始平穩下降，逐步進入消落期，在6月10日主汛期來臨前，降至防洪限制水位145米，而隨著蓄水量的減少和藻類易生季節來臨，控制“水華”產生，保障水體安全和避免地質災害產生就顯得異常重要。