2003年四川全省32條小流域中只有2條流域水質達到國家規定水環境質量標準，其余13條流域水質為Ⅳ類、17條流域水質為劣Ⅴ類。為加強小流域污染治理，早日還三江清水，確保群眾飲用水安全。2005年省委、省政府作出了“關于綜合治理三江水系重點小流域的決定”，編制了《岷江、沱江、嘉陵江重點小流域水污染防治總體規劃》，在17個市（州）的76個縣開展了水污染治理。五年來省、市兩級政府共掛牌整治5000余家污染企業、110家規模化畜禽養殖污染企業、64家污水處理廠、16個城市的污水收集率，完成工業污染治理項目886項、規模化畜禽養殖污染防治項目2752項、城鎮污水治理項目128項、生活垃圾處置項目228項。并按照國務院和國家七部委的統一部署，開展了整治違法排污企業保障群眾健康環保專項行動，五年來全省共出動執法人員27.5萬人次，檢查企業10.74萬個次；立案查處環境違法案件7800多件，取締關閉企業1700多個，停產或限期治理企業2600多個，處理環保熱線舉報3.5萬件。通過小流域水污染綜合治理，目前，全省32條嚴重污染的小流域中，已有阿壩州壽溪河、宜賓越溪河、廣元市東河及南河、遂寧郪江和瓊江，以及球溪河仁壽段和資中段、梓江的射洪段和三臺段等9條小流域、18個監測段面達到國家規定的水質標準，實現了還清水的目標。其余各條小流域水環境質量也逐年得到改善，但部分支流污染依然嚴重：岷江支流思蒙河、毛河、茫溪河仍然為Ⅴ類水質，處于中度污染；府河（黃龍溪段）、江安河、體泉河為劣Ⅴ類水質，處于重污染，主要污染指標為氨氮、溶解氧、生化需氧量、高錳酸鹽指數、石油類。沱江支流瀨溪河以Ⅳ類水質為主，處于輕度污染；中河、九曲河、絳溪河水質污染有所減輕，但仍然以Ⅴ類水質為主，處于中度污染；綿遠河、毗河、威遠河、釜溪河為劣Ⅴ類水質，處于重污染，主要污染指標為氨氮、生化需氧量、溶解氧、石油類。嘉陵江支流清溪河污染有所減輕，屬中度污染，西充河水質重污染，主要污染指標為氨氮。