《規(guī)劃》提出，“十三五”深圳以改善環(huán)境質(zhì)量為核心，全力打好大氣、水、土壤三大污染防治攻堅戰(zhàn)。其中在水環(huán)境質(zhì)量方面，重點推進河流綜合整治，到2017年，基本消除建成區(qū)黑臭水體；到2020年，全部消除建成區(qū)黑臭水體。

　　《規(guī)劃》提出八項舉措改善水環(huán)境質(zhì)量：一是保障飲用水水源安全。二是推進河流綜合整治。堅持“水系入手、截污為先、方式多樣、綜合治理”的系統(tǒng)治污思路，兼顧防洪達標(biāo)、水污染治理和生態(tài)景觀建設(shè)等多方面的要求，對水環(huán)境實施分流域、分區(qū)域、分階段科學(xué)治理，全面推進精準(zhǔn)治污。到2020年，全市整治河流144條，整治長度552公里。加強跨界河流污染防治，加快黑臭水體治理。到2017年，基本消除建成區(qū)黑臭水體；到2020年，全部消除建成區(qū)黑臭水體。三是推進灣區(qū)水環(huán)境改善，到2020年，入海（灣）河流基本消除劣Ⅴ類水體。四是開展地下水污染防治，確保全市地下水環(huán)境質(zhì)量保持穩(wěn)定。五是加快污水管網(wǎng)建設(shè)，到2017年，建成區(qū)污水基本實現(xiàn)全收集、全處理；到2020年，新建污水管網(wǎng)4260公里以上，基本建成路徑完整、接駁順暢、運轉(zhuǎn)高效的污水收集系統(tǒng)。六是完善污水處理設(shè)施，探索集約節(jié)約用地模式，高標(biāo)準(zhǔn)規(guī)劃建設(shè)環(huán)境友好型污水處理廠，續(xù)建福田污水處理廠，新建沙湖、東沖、壩光污水處理廠和洪湖、寶龍水質(zhì)凈化廠、樟杭徑污水生態(tài)處理工程，擴建南山、沙井、坂雪崗等12座污水處理設(shè)施。到 2020年全市污水處理能力達到683萬噸/日，城市污水集中處理率達到98%以上。七是加強城市面源污染治理，清理地表水體流域內(nèi)非法養(yǎng)殖和非法農(nóng)家樂。加強垃圾、糞渣等城市面源污染物收集、運輸、處理處置全流程整治，大幅度削減入河入灣面源污染。全面清理飲用水源保護區(qū)內(nèi)的違法種植養(yǎng)殖、違法搭建、地下作坊、暴露垃圾等，最大程度削減入庫污染負(fù)荷。關(guān)閉或搬遷禁養(yǎng)區(qū)內(nèi)的畜禽養(yǎng)殖場，加快推進規(guī)模化畜禽養(yǎng)殖場標(biāo)準(zhǔn)化改造和處理設(shè)施提標(biāo)。嚴(yán)格控制農(nóng)業(yè)用水總量，實施化肥、農(nóng)藥零增長行動。八是完善水環(huán)境質(zhì)量管理機制，全面開展全市及各重點流域水污染源調(diào)查，編制實施深圳河等跨界河流流域達標(biāo)方案，定期或不定期對水環(huán)境目標(biāo)落實情況及治污效果進行評估，全面推行排污許可證制度，研究創(chuàng)新污水付費模式，將黑臭水體治理、污水管網(wǎng)建設(shè)、污水處理廠提標(biāo)改造、跨界河流達標(biāo)等納入生態(tài)文明建設(shè)考核重要內(nèi)容。