東江水域流經河源、東莞等市，近年兩市均大力保護東江水源，共投入逾500億元人民幣，從“截污、清淤、治堤、活源”四大方向入手。截至目前，作為供港水源地的河源新豐江水庫生態環境保護項目共有56個，其中河源負責47個，總投資約15.03億元。

　　高標準保護新豐江水庫的生態環境，是保持東江水質長年穩定良好的前提，庫區生態環境保護如今已經上升到國家戰略生態建設規劃層面。河源針對新豐江水庫、東江干流河源段等重點水域水環境保護的特殊需求，專門出臺一系列文件，嚴格開展項目開發的審查把關，取締所有污染項目，嚴控農業面源污染。

　　廣東省河源市環保局表示，新豐江庫區總面積240萬畝，目前80%以上的森林被劃入生態公益林。迄今河源新豐江水庫生態環境保護47個項目，已投入資金3.44億元，其中已驗收項目1個，以完工待驗收項目13個，已開工在建項目21個，超額完成年度投資任務。

　　莞今年完成水資源配置

　　東莞全市生活、工業等活動近9成水資源來自東江，為擺脫過渡依賴東江水現狀，降低東江東莞段水資源利用強度。目前東莞近五年將投入500億元，全面治理包括東江流域石馬河等支流在內的全市河涌網絡。東莞水務局表示，首期工程預計今年達成，基本形成“污水處理城鄉全覆蓋、江庫聯網互濟、多種水源互補”的水資源配置格局。

　　東莞水務局還透露，從2013年開始，東莞已陸續投入74億，建設總長達860公里的截污主干管網，目前已建成850公里，配套并投入運營污水處理廠37家，日均污水處理量約為270萬噸。到明年6月，全市截污主干管網將完成收尾工程，屆時將在內地率先實現生活污水集中處理城鄉全覆蓋。

　　至于治理曾作為供港水源之一的石馬河方面，東莞已提請廣東省水利廳牽頭，協調深莞惠三市聯合治污，并按照上滯、中截、下疏、調污排清的原則，實施石馬河河口水源保護綜合整治工程，一期11個子工程投資逾8億元，3年內完工，屆時將大幅減少石馬河污水對東江水源的污染。